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- Cylindropuntia acanthocarpa var. coloradensis (L.D.Benson) Pinkava
- Cylindropuntia acanthocarpa subs. major (Engelm. & J.M.Bigelow) U.Guzmán
- Cylindropuntia acanthocarpa var. major (Engelm.) Pinkava
- Cylindropuntia acanthocarpa var. ramosa (Peebles) Backeb.
- Cylindropuntia acanthocarpa var. thornberi (Thornb. & Bonker) Backeb.
- Cylindropuntia alamosensis (Britton & Rose) Backeb.
- Cylindropuntia alcahes (F.A.C.Weber) F.M.Knuth in Backeb. & F.M.Knuth
- Cylindropuntia alcahes subs. burrageana (Britton & Rose) U.Guzmán
- Cylindropuntia alcahes var. burrageana (Britton & Rose) Rebman
- Cylindropuntia alcahes subs. gigantensis (Rebman) U.Guzmán
- Cylindropuntia alcahes var. gigantensis Rebman
- Cylindropuntia alcahes subs. mcgillii (Rebman) U.Guzmán
- Cylindropuntia alcahes var. mcgillii Rebman
- Cylindropuntia anteojoensis (Pinkava) E.F.Anderson
- Cylindropuntia x antoniae P.V.Heath
- Cylindropuntia arbuscula (Engelm.) F.M.Knuth in Backeb. & F.M.Knuth
- Cylindropuntia arbuscula var. congesta (Griffiths) Backeb.
- Cylindropuntia aureispina (S.Brack & K.D.Heil) Pinkava & B.D.Parfitt
- Cylindropuntia bigelovii (Engelm.) F.M.Knuth in Backeb. & F.M.Knuth
- Cylindropuntia bigelovii subs. ciribe (Engelm. ex J.M.Coult.) U.Guzmán
- Cylindropuntia bigelovii var. ciribe (Engelm. ex J.M.Coult.) Rebman
- Cylindropuntia brevispina (H.E.Gates) Backeb.
- Cylindropuntia brittonii (J.G.Ortega) Backeb.
- Cylindropuntia burrageana (Britton & Rose) Backeb.
- Cylindropuntia caerulescens (Griffiths) F.M.Knuth in Backeb. & F.M.Knuth
- Cylindropuntia californica (Torr. & A.Gray) F.M.Knuth in Backeb. & F.M.Knuth
- Cylindropuntia californica subs. delgadilloana (Rebman & Pinkava) U.Guzmán
- Cylindropuntia californica var. delgadilloana (Rebman & Pinkava) Rebman
- Cylindropuntia californica subs. parkeri (J.M.Coult.) U.Guzmán
- Cylindropuntia californica var. parkeri (J.M.Coult.) Pinkava
- Cylindropuntia californica var. rosarica (G.E.Linds.) Rebman
- Cylindropuntia calmalliana (J.M.Coult.) F.M.Knuth
- Cylindropuntia x campii (M.A.Baker & Pinkava) M.A.Baker & Pinkava
- Cylindropuntia cardenche (Griffiths) Backeb. & F.M.Knuth
- Cylindropuntia caribaea (Britton & Rose) F.M.Knuth in Backeb. & F.M.Knuth
- Cylindropuntia cedrosensis Rebmann
- Cylindropuntia cholla (F.A.C.Weber) F.M.Knuth in Backeb. & F.M.Knuth
- Cylindropuntia ciribe (Engelm.) F.M.Knuth in Backeb. & F.M.Knuth
- Cylindropuntia clavarioides (Otto ex Pfeiff.) F.M.Knuth in Backeb. & F.M.Knuth
- Cylindropuntia clavellina (Engelm. ex J.M.Coult.) F.M.Knuth in Backeb. & F.M.Knuth
- Cylindropuntia congesta (Griffiths) F.M.Knuth
- Cylindropuntia x congesta (Griffiths) Pinkava
- Cylindropuntia cylindrica (Lamarck) F.M.Knuth in Backeb. & F.M.Knuth
- Cylindropuntia davisii (Engelm. & J.M.Bigelow) F.M.Knuth in Backeb. & F.M.Knuth
- Cylindropuntia delgadilloana Rebman & Pinkava
- Cylindropuntia densiaculeata Backeb.
- Cylindropuntia x deserta (Griffiths) Pinkava
- Cylindropuntia echinocarpa (Engelm. & J.M.Bigelow) F.M.Knuth in Backeb. & F.M.Knuth
- Cylindropuntia exaltata (A.Berger) Backeb. in Backeb. & F.M.Knuth
- Cylindropuntia x fosbergii (C.B.Wolf) Rebman, M.A.Baker & Pinkava
- Cylindropuntia fulgida (Engelm.) F.M.Knuth
- Cylindropuntia fulgida f. cristata P.V.Heath
- Cylindropuntia fulgida var. mamillata (A.Schott ex Engelm.) Backeb.
- Cylindropuntia fulgida f. monstruosa P.V.Heath
- Cylindropuntia ganderi (C.B.Wolf) Rebman & Pinkava
- Cylindropuntia ganderi subs. catavinensis (Rebman) U.Guzmán
- Cylindropuntia ganderi var. catavinensis Rebman
- Cylindropuntia x grantiorum P.V.Heath
- Cylindropuntia haematacantha Backeb. in Backeb. & F.M.Knuth
- Cylindropuntia hamiltonii (W.T.Marshall & T.M.Bock ex H.E.Gates) Backeb.
- Cylindropuntia hualpaensis (Hester) Backeb.
- Cylindropuntia humahuacana
- Cylindropuntia hypsophila (Speg.) Backeb. in Backeb. & F.M.Knuth
- Cylindropuntia hystrix (Griseb.) Areces
- Cylindropuntia imbricata (Haw.) F.M.Knuth in Backeb. & F.M.Knuth
- Cylindropuntia imbricata var. arborescens (Engelm.)
- Cylindropuntia imbricata subs. argentea (M.S.Anthony) U.Guzmán
- Cylindropuntia imbricata var. argentea (M.S.Anthony) Backeb.
- Cylindropuntia imbricata subs. cardenche (Griffiths) U.Guzmán
- Cylindropuntia imbricata subs. lloydii (Rose) U.Guzmán
- Cylindropuntia imbricata var. ramosior (Salm-Dyck)
- Cylindropuntia imbricata var. spinotecta (Griffiths) M.A.Baker
- Cylindropuntia imbricata var. tenuior (Salm-Dyck)
- Cylindropuntia imbricata var. vexans (Griffiths)
- Cylindropuntia intermedia Rauh & Backeb.
- Cylindropuntia kelvinensis (V.E.Grant & K.A.Grant) P.V.Heath
- Cylindropuntia kleiniae (DC.) F.M.Knuth in Backeb. & F.M.Knuth
- Cylindropuntia kleiniae f. cristata hort.
- Cylindropuntia kleiniae var. laetevirens (Salm-Dyck)
- Cylindropuntia leptocaulis (DC.) F.M.Knuth in Backeb. & F.M.Knuth
- Cylindropuntia leptocaulis var. badia (A.Berger) F.M.Knuth
- Cylindropuntia leptocaulis var. brevispina (Engelm.) F.M.Knuth
- Cylindropuntia leptocaulis var. glauca Backeb.
- Cylindropuntia leptocaulis var. longispina (Engelm.) F.M.Knuth in Backeb. & F.M.Knuth
- Cylindropuntia leptocaulis var. pluriseta (A.Berger) F.M.Knuth
- Cylindropuntia leptocaulis var. robustior (A.Berger) F.M.Knuth
- Cylindropuntia leptocaulis var. vaginata (Engelm.) F.M.Knuth
- Cylindropuntia lindsayi (Rebman) Rebman
- Cylindropuntia lloydii (Rose) F.M.Knuth in Backeb. & F.M.Knuth
- Cylindropuntia maldonadensis (Arechav.) Backeb.
- Cylindropuntia x media P.V.Heath
- Cylindropuntia metuenda (Pittier) Backeb.
- Cylindropuntia miquelii (Monv.) Backeb. in Backeb. & F.M.Knuth
- Cylindropuntia molesta (Brandegee) F.M.Knuth
- Cylindropuntia molesta subs. clavellina (Engelm. ex J.M.Coult.) U.Guzmán
- Cylindropuntia molesta var. clavellina (Engelm. ex J.M.Coult.) Rebman
- Cylindropuntia mortolensis (Britton & Rose) F.M.Knuth in Backeb. & F.M.Knuth
- Cylindropuntia x multigeniculata (Clokey) Backeb.
- Cylindropuntia pachypus (K.Schum.) Backeb. in Backeb. & F.M.Knuth
- Cylindropuntia pallida (Rose) F.M.Knuth